Auf einem geheimen Forschungsschiff des Militärs, werden Gen-Experimente durchgeführt, um die Aliens neu zu erschaffen. Aus diesem Grund wird auch Ripley geklont, das in ihnr wachsende Alien-Baby, eine Königin, entfernt, um es dann aufzuziehen. Durch die dieses Gen-Experiment ist die geklonte Ripley aber kein Mensch mehr, sondern eine Mischung aus Alien und Mensch, zum Teil noch gefüllt mit den Erinnerungen der alten, echten und verstorbenen Ripley. Das Militär glaubt, die Alien-Königin und die gezeugten Nachkommen unter Kontrolle zu halten. Doch während des Aufenthalts einer Schmugglerbande gelingt es den Aliens zu entkommen und sich auf dem Raumschiff, wieder ihrer Lieblingsbeschäftigung zu widmen, der Jagd auf Menschen!